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정부는 2024. 7. 25. ‘2024년 세법개정안(이하 ‘개정안’)’을 발표. 개정안은주주환원촉진세제를 신설하고 R&D 세액공제를 확대하는 등 주목할만한 법인과세 분야의 주요 개정사항을포함. 세법개정안은 입법예고와 국무회의를 거쳐 2024. 9. 1. 정기국회에제출될 예정. 이번 세법개정안은 주주친화적 세제 혜택을마련하고, 중소·중견·벤처기업 등 성장 기업에 대한 지원 및 고용 투자 등 경제활성화를 촉진하는 행위에대한 세제혜택을 연장·확대하는 방향으로 개선된 것으로 평가됨.

1. 주요 개정사항

가. 주주친화적 세제 개편 및 체계 합리화

(1) 주주환원 촉진 세제 신설

① 주주환원 촉진을 위한 법인세 과세특례 신설

기업가치 제고를 위한 주주환원 촉진을위해 (i) 코스피ㆍ코스닥 상장법인이 (ii) 밸류업 자율공시(기업가치 제고 계획)를 이행하고(iii) 배당ㆍ자사주소각을 통한 주주환원 금액이 전년 대비 증가 및 직전 3년 평균 대비 5% 이상 증가한 경우, 주주환원 금액의 5% 초과 증가분의 5%(한도: 당해연도총 주주환원금액의 1%)를 세액공제하는 규정이 신설.

동 개정안은 2025. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도에 배당하거나 자사주를 소각하는 분부터 적용.

② 주주환원 확대기업의 개인주주 배당소득 과세특례 신설

위 주주환원 확대를 통해 법인세 세액공제를받은 상장법인이 개인주주에 대하여 현금배당을 할 경우 그 일부를 분리과세 하는 규정이 신설되었습니다(원천징수세율 9% 인하, 종합과세 대상은 25% 분리과세 선택 가능).

동 개정안은 2026. 1. 1. 이후 지급받는 배당금부터 적용.

(2) 자기주식 관련 적격인적분할요건 합리화

적격분할 지분의 연속성 요건과 관련하여분할법인의 자기주식에 대하여 분할신설법인의 주식을 배정하지 않더라도 적격분할로 보도록 적격분할 요건이 완화됩니다. 한편, 인적분할시 자기주식에 대한 신주 배정을 제한하도록 ‘자본시장과 금융투자업에관한 법률’이 개정될 예정.

동 개정안은 2025. 1. 1. 이후 분할하는 분부터 적용.

나. 중소·중견기업등에 대한 세제혜택 연장·확대

(1) 중소기업 유예기간 확대

① 중소기업 기준 초과시 중소기업 졸업유예기간 연장

기업 성장 지원을 위해 기업 규모 증가로중소기업 기준을 초과하게 되어도 세제상 중소기업 혜택을 받을 수 있는 유예기간을 3년에서 5년(코스피ㆍ코스닥 상장 기업은 7년)으로 연장.

동 개정안은 조특법 시행령의 시행일이속하는 과세연도에 최초로 중소기업 졸업요건에 해당하는 분부터 적용.

② 연결납세방식 적용 후 중소기업 규정 적용기간 확대

연결납세방식 적용 후 중소기업 규정적용기간이 최초 연결사업연도와 이후 3년에서 5년으로 확대.

동 개정안은 2025. 1. 1. 이후 최초로 연결납세방식을 적용하는 분부터 적용.

(2) 중견기업 범위 조정

업종별 과세형평을 제고하기 위하여 중견기업제외 업종에 부동산임대업이 추가되었고, 중견기업 규모 기준이 아래와 같이 업종별로 세분화.

(3) 벤처기업 세제 특례

① 벤처기업 복수의결권주식 취득 관련 과세특례 신설

벤처기업의 창업주가 복수의결권주식 취득을위해 보통주를 현물출자로 납입하는 경우 보통주식 현물출자로 발생하는 양도소득세를 복수의결권주식의 보통주 전환시까지 과세이연하는 규정이 신설.

동 개정안은 2025. 1. 1. 이후 현물출자하는 분부터 적용.

② 벤처기업 주식매수선택권 과세특례 적용기한 연장

벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권행사이익에 대한 과세특례 적용기한이 2024. 12. 31.에서2027. 12. 31.까지 연장.

(4) 해운기업 법인세 과세표준특례 연장 조정

해운기업의 국제 경쟁력을 제고하기 위해해운기업에 대해 적용되던 법인세 과세 표준 특례제도(이른바 ‘톤세 제도’)의 적용기간을 2024. 12. 31.에서 2029. 12. 31.까지 5년 연장하는 대신 국적선박 확충 유도를위해 기준선박(해당 기업 소유 선박+국적취득조건부 나용선+소유권 이전 연불조건부 리스 선박)외 나머지 선박에 대한 톤당 1운항일 이익을 인상.

동 개정내용이 확정될 경우 2025. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용.

다. 투자·고용관련 세제혜택 연장·확대

(1) R&D 세액공제ㆍ통합투자세액공제확대

① 국가전략기술 등 R&D 세액공제ㆍ통합투자세액공제 적용기한 연장

국가전략기술 등 R&D 세액공제ㆍ통합투자세액공제 적용기한이 현행 2024. 12.31.에서 27. 12. 31.까지로 연장.

② 통합투자세액공제 증가분 공제율 상향

사업용 유형자산 등에 대하여 해당 과세연도에투자한 금액이 해당 과세연도의 직전 3년간 연평균 투자 또는 취득금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액에대하여 적용하는 추가공제의 공제율을 3%(국가전략기술사업화시설의 경우4%)에서 10%로 일괄 상향.

③ R&D 및 통합투자세액공제 점감구조 도입

중소기업 졸업 후 공제율이 대폭 축소하는부담을 완화하여 기업의 성장을 촉진하고자 매출액 등 증가로 인해 중소기업에 해당하지 않게 되는 경우 그 시점부터3∼5년간 세액 공제율이 점감하도록 하였고, 2025.1. 1. 이후에 발생하는 연구개발비용에 대한 코스닥상장 중견기업 우대 공제율(기본 25%, 추가 최대 15%)을 폐지.

동 개정안은 2025. 1. 1. 이후 개시하는 과세연도에 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우부터 적용.

[공제 점감율]

④ R&D 세액공제 적용대상 확대

기업의 연구개발 지원 확대를 위하여국가전략기술, 신성장ㆍ원천기술 분야의 세액공제 적용범위에R&D용 시설임차료가 포함되는 등 그 적용범위가 일반분야와 동일하게 확대.  또한, 현행법은 국가전략기술, 신성장ㆍ원천기술 전담 인력에 한정하여 해당공제율을 인정하였으나, 개정안에 따르면 국가전략기술, 신성장ㆍ원천기술과일반 R&D를 공동으로 수행하는 경우 실제 연구시간을 안분하여 공제율을 적용.

동 개정안은 조특법 시행령의 시행일이속하는 과세연도에 지출하는 분부터 적용.

(2) 통합고용세액공제 확대

고용의 질적 향상을 위해 현재 상시근로자를대상으로 고용 증가분에 대한 세액공제를 적용하였으나 이번 개정안에서는 1년 미만(1개월 이상)의 기간제 근로자 및 초단시간 근로자(근로시간 무관하나 일용직 제외)의 고용에 대해서까지 고용지원 대상을확대.

아울러 계속 고용 인원에 대한 공제액을상향(400 ~ 1,550만 원 → 400 ~ 2,400만원)하고, 인건비 증가분에 대하여 일정 비율을 세액공제하는방식도 추가. 

사후관리규정(고용유지 의무 및 추징)이 폐지되고,대신 고용 유지 시 1년 추가 공제를 제공하여 기업들이 초기 부담 없이 세액공제를 받을수 있도록 함.

동 개정안은 2025. 1. 1. 이후 개시하는 과세연도의 고용 증가 및 인건비 증가분부터 적용.

(3) 종업원 할인금액에 대한근로소득 비과세 기준 신설

이번 개정안에는 종업원 복지 향상과과세 체계의 명확성을 위해 종업원 할인 금액에 대한 근로소득 비과세 기준이 새롭게 마련. 자사 및 계열사종업원이 해당 기업의 재화나 용역을 시가보다 할인 받아 구매할 경우, 그 할인금액 중 비과세 대상을‘시가의 20%와 연간 240만원 중 큰 금액’으로 명시적으로규정. 비과세 적용을 위해서는 직접 소비 목적의 구매, 일정기간 재판매 금지, 공통 지급기준에 따른 할인 적용 등의 요건을 충족해야 함.

동 개정안은 2025. 1. 1.  이후 발생하는 소득 분부터 적용되며, 기업의복리후생 제도 개선과 종업원의 실질적인 혜택 증대에 기여할 것으로 예상되나 기존 복리후생제도상 할인금액이 비과세 기준을 넘는 경우 종업원의 급격한세부담 증가로 대안을 모색할 필요 있음.  

(4) 해외자원개발투자 세액공제지원요건 완화

안정적인 자원 공급망 구축을 위해 둘이상의 내국인이 공동으로 100% 출자한 외국자회사(현재는내국인이 단독으로 100% 출자한 외국자회사)를 세액공제대상에 포함하고, 지분율 산정시 해당국 법률 등에 의해 해당국 정부 등이 의무 보유하는 지분을 제외함으로써해외자원개발투자 지원 세제를 합리화.

동 개정안은 2025. 1. 1. 이후 개시하는 과세연도에 투자ㆍ출자하는 분부터 적용.

위 내용은 법무법인 세종(유)과의업무협력을 통해 제공 받았음을 알려드립니다.